Emelie Johanssons moderklubb är IFK Viksjö och hon kom till AIK inför säsongen 2015. A-lagsdebuten i AIK skedde den 29 mars 2015 borta mot Umeå IK FF (0–1 efter förlängning) i Svenska cupens åttondelsfinal då hon ersatte Loreta Kullashi i den 105:e minuten. Hon spelade ytterligare en cupmatch under året och även en match för AIK i Damallsvenskan 2015, hemma mot Linköpings FC (0–5) den 12 september då hon ersatte Evelina Finndell i den 69:e minuten.

AIK meddelade i januari 2016 att man flyttade upp tre spelare från F19-truppen till damlaget, däribland Emelie Johansson. Under 2016 blev det spel i 29 tävlingsmatcher, varav 24 från start, för Emelie Johansson och hon noterade sex målgivande passningar i dessa matcher. Den första noterades borta mot IFK Kalmar (1–4) i Elitettan på Gröndals IP den 11 juni 2016 då hon spelade fram Kristine Mangasaryan till 1–1-målet i den 29:e minuten. Totalt har Emelie Johansson spelat 32 tävlingsmatcher i AIK-tröjan.