AIK Fotboll meddelade den 24 januari 2017 att man var överens med Lina Malmborg om ett kontrakt. Lina kom närmast från Älta IF där hon i tre säsonger spelat med klubbens damlag och Älta IF är även hennes moderklubb. Under inledningen av säsongen 2014 flyttades hon upp i A-laget från F19-laget.

Tävlingsdebuten i Ältas A-lag skedde den 25 maj 2014, hemma mot IF Brommapojkarna (6–1) då hon byttes in i den 58:e minuten. Den första starten skedde den 7 juni 2014, borta mot Qbik (0–1). Älta slutade på tionde plats i tabellen och det blev åtta matcher för A-lagsdebutanten Lina Malmborg i Elitettan och en i Svenska cupen under hennes första år i damlaget.

Under 2015 spelade hon i 21 matcher, varav 18 från start, och svarade för två mål då Älta IF slutade på elfte plats i Elitettan. Under 2016 spelade Lina Malmborg 23 matcher, varav samtliga från start, för Älta IF i Elitettan och svarade för ett mål hemma mot Östersunds DFF (3–3) den 30 oktober. Älta slutade på 13:e plats och åkte därmed ur serien. Hon spelade dessutom en match i Svenska cupen. Sammanlagt har hon spelat 54 tävlingsmatcher för Älta IF och svarat för tre mål.

Hon står noterad för fyra U17-landskamper och debuten skedde med F16-landslaget den 4 juli 2014 mot Island (3–0) på Rimnersvallen i Uddevalla då hon byttes in i den 55:e minuten. I februari 2015 deltog hon i F17-landslagets läger på Bosön.