Henok Goitom kom till AIK under hösten 2012 och svarade för sitt första mål för klubben i Uefa-spelet den 4 oktober samma år då han framspelad av Helgi Daníelsson sekunder innan pausvilan svarade för 2–1-målet i hemmamötet med FC Dnipro (2–3) i Uefa Europa Leagues gruppspel. Det andra målet dröjde till den 24 juli 2014 då Henok Goitom i den 72:a matchminuten fastställde slutresultatet till 2–0 hemma mot Linfield FC i returen på Friends Arena efter att nordirländarna vunnit det första mötet med 1–0.
Under juli 2015 var Henok Goitom en av Europas hetaste spelare då han i kvalet till Uefa Europa League svarade för sex mål i de fyra matcherna mot VPS (hemma), FC Shirak (hemma och borta) samt Atromitos FC (hemma). Den 20 juli 2017 svarade han för sitt nionde mål för AIK i Uefa-spelet då han fastställde slutresultatet i den 85:e matchminuten hemma mot FK Željezničar (2–0) inför 9 126 åskådare på Friends Arena.
Under AIK:s kvalspel sommaren 2019 slog klubbens lagkapten till tre gånger i den första och andra kvalomgången till Uefa Champions Leagues gruppspel. Efter 1–2 borta mot FC Ararat-Armenia i Yerevan krävdes det mål från hemmalagets sida i returen på Friends Arena. Nervositeten var påtaglig bland hemmapubliken efter en mållös första halvlek, men med två tidiga mål i den andra halvleken visade Henok Goitom vägen till avancemanget. I den efterföljande omgången väntade NK Maribor på bortaplan och i den 28:e matchminuten kvitterade Henok Goitom slovenernas tidiga 1–0-ledning då han med ett fräckt skott satte bollen i den högra gaveln.
Henok Goitoms tolv gjorda mål för AIK i Uefa-spelet innebär att han leder klubbens skytteliga i de stora Europacuperna och han har även noterat fyra målgivande passningar.
AIK har svarat för 148 mål i de 120 matcherna i de stora Europacuperna, här följer en lista över samtliga målskyttar: Henok Goitom 12, Pascal Simpson 7, Owe Ohlsson 5, Dick Lidman 4, Krister Nordin 4, Nebojša Novaković 4, Daniel Hoch 4, Wilton Figueiredo 4, Eero Markkanen 4, Nabil Bahoui 4, Thomas Andersson 3, Thomas Bergman 3, Sven “Dala” Dahlkvist 3, Andreas Andersson 3, Martin Lorentzson 3, Mohamed Bangura 3, Sebastian Larsson 3, Björn “Lill-Garvis” Carlsson 2, Björn Eriksson 2, Jim Nildén 2, Roland “Rimbo” Lundblad 2, Lars Zetterlund 2, Mattias Johansson 2, Daniel Tjernström 2, Mats Rubarth 2, Lucas Valdemarín 2, Dulee Johnson 2, Viktor Lundberg 2, Kwame Amponsah Karikari 2, Helgi Daníelsson 2, Carlos Strandberg 2, Stefan Ishizaki 2, Nils-Eric Johansson 2, Daniel Sundgren 2, Chinedu Obasi 2, Kurt Andersson, Tord Grip, Rolf Zetterlund, Sanny Åslund, Börje Leback, Jan-Olof Wallgren, Stefan Wallén, Thomas Lundmark, Thomas Johansson, Roger Sundin, Göran Göransson, Björn “Butta” Johansson, Niclas Kindvall, Peter Hallström, Vadim Jevtushenko, Gary Sundgren, Cesar Pachá, Karl Corneliusson, Tomas Gustafsson, Andreas Alm, Christer Mattiasson, Kwame Quansah, Khari Stephenson, Gabriel Özkan, Patrik Karlsson, Alexander Gerndt, Pontus Engblom, Celso Borges, Kennedy Igboananike, Ebenezer Ofori, Amin Affane, Denni Avdić, Kristoffer Olsson, Nicolás Stefanelli, Per Karlsson, Tarik Elyounoussi, Kolbeinn Sigþórsson, självmål 2 (Deniss Ivanovs och Andrej Lukić).